Iracema, índia tabajara, está à beira do rio, quando encontra Martim, guerreiro branco amigo dos nativos da tribo pitiguara, se assusta e o atinge com uma flecha. Logo se enche de culpa, se arrepende e tenta ajudar o estrangeiro. Leva-o até sua terra. O pai de Iracema é o Pajé Araquém que recebe Martim com cordialidade, devoto de Tupã, diz que foi Tupã quem trouxe o europeu à tribo.

Martim fica encantado com Iracema. Recebe todos os cuidados e um presente: mulheres tabajaras para que passe bem sua noite. Mas quem ele quer é Iracema e pergunta a ela se ela ficará para passar a noite com ele e recusa a companhia das outras índias. Iracema também tem interesse em Martim, mas não pode ter envolvimento com ele.

Iracema é filha de Pajé e guarda o segredo da jurema, receita de um licor alucinógeno para rituais dos guerreiros de sua tribo. Sendo guardiã do segredo desse liquido, tem de permanecer virgem para manter a tradição. Por esse motivo, não deve se render a Martim.

O fato é que o interesse de Martim por ela foi, na alma da tabajara, correspondido rapidamente, o que a faz querer segui-lo e protegê-lo (proteção cheia de ternura).

Não deixando Matim ir embora da sua tribo sem um guia, pede que ele fique e espere seu irmão Caubi para que ele o acompanhe pela mata. Martim aceita. Na noite em que Martim passa em terra tabajara, Iracema oferta a ele o liquido sagrado. Ele delira, e, então, faz sexo com Iracema. No dia seguinte, de nada se lembra, já que o liquido tira do ser que a bebe toda a consciência.

Irapuã, chefe dos tabajara, mostra-se irado pela presença de Martim naquela terra, sente ciúmes de Iracema e o jura de morte.

Antes de saber que Iracema compartilhou o segredo da jurema com Martim e que não é mais virgem, Caubi, o irmão da índia tabajara, ajuda o cristão branco a se emaranhar na floresta a caminho das terras dos pitiguaras, inimigos dos tabajaras.

Com a renúncia de Iracema ao povo tabajara em nome de seu amor e da vergonha pelo segredo quebrado, Caubi voltou-se para o lado dos tabajaras contra os pitiguaras e contra Martim.

Martim, encontrando com seu amigo Poti, juntou-se aos pitiguaras e envolveu-se em várias batalhas contra o povo de Iracema.

Iracema, após contar que já havia tido enlace amoroso com o estrangeiro, fez-se oficialmente sua esposa, engravidando em seguida.

Muito triste ficava Iracema pelas mortes dos seus irmãos de tribo nas batalhas que seu marido travava. Os pitiguaras eram sempre vencedores. Por um lado, ficava feliz por estar perto de Martim, por outro, ficava muito infeliz com a distância de seu povo.

Martim, antes de habitar em terras americanas, habitava em Portugal (provavelmente). Deixara família e uma noiva. Sentia saudades muitas vezes, e nelas esquecia-se de Iracema, deixava-a só, passava tempos olhando o mar ou guerreando.

Num dia desses de solidão, deixada sozinha tempos a fio por causa das batalhas vivenciadas por Martim, Iracema dá a luz a Moacir (filho de sua dor).

Um pouco antes de seu fim trágico, recebe a visita de seu irmão, Caubi, que a perdoa. Ele se vai e ela começa a sentir dores profundas. Faz mingau para alimentar a criança, tem a esperança de que Martim e Poti voltem logo. Corre para a mata, queda-se perto de onde fica o leito da cachorra de Martim, Japi. De seus seios, ao invés de leite, sai sangue. Ali, morre com o filho no colo.

Martim chega e encontra Iracema morta, a enterra ao pé de um coqueiro, perto de um rio.

“E foi assim que um dia veio a chamar-se Ceará o rio onde crescia o coqueiro, e os campos onde serpeja o rio.”

Martim voltou a Portugal, tornando ao Ceará com guerreiros brancos e um padre para fundar um gueto de cristãos na nova terra. Poti foi o primeiro índio a ser catequizado, tão dócil que era.

Martim continuou a cuidar de seu filho Moacir. Um novo tempo chegava, novas e velhas batalhas...

“Tudo passa sobre a terra”.

Assim findou o romance Iracema.